V tomto kroku je potrebné zvoliť akým spôsobom systém nainštalujeme.

• Samostatná inštalácia – Ubuntu sa nainštaluje ako jediný systém na počítač. V prípade, že chcete použiť aj iný operačný systém, systém Ubuntu poskytuje možnosť nainštalovania rôznych virtuálnych počítačov (VitrualBox. VMware, Xen, KVM, QEMU …), do ktorých si môžete nainštalovať systém Windows alebo iný operačný systém.

  	V prípade, že používate OEM verziu Windows (verzia, ktorá je licenčne viazaná na konkrétny počítač), nie je možné ju nanovo nainštalovať vo virtuálnom počítači.

• Dual boot – umožňuje ponechať systém Windows a nainštalovať Ubuntu na samostatný diskový oddiel. Pri štarte systému si budeme môcť vybrať, ktorý zo systémov zavedieme. Výhoda tohto riešenia je tá, že Ubuntu bude môcť využiť plný výkon počítača. Nevýhoda je v tom, že je potrebné vytvoriť miesto pre nový diskový oddiel, na ktorý nainštalujeme Ubuntu. Druhou nevýhodou je to, že ak sa budeme chcieť prepnúť do druhého operačného systému, musíme reštartovať počítač.
  

  	Aj keďje nástroj na zmenu veľkosti diskových oddielov pri vytváraní Dual boot spoľahlivý, je tu stále určité riziko, že z nejakých dôvodov operácia zlyhá a vy prídete o všetky dáta na disku. Pred tým ako vyberiete túto možnosť, odzálohujte si všetky dôležité dáta!!! Práca s diskovým oddielom Windows bude rýchlejšia ak ho pred inštaláciou Ubuntu defragmentujete.

• Inštalácia na diskový oddiel Windows – toto riešenie je podobné predchádzajúcemu, s tým rozdielom že Ubuntu nainštalujeme do samostatného priečinka priamo do diskového oddielu, na ktorom je MS Windows. Nemusíme teda pred inštaláciou meniť veľkosti diskových oddielov a pripraviť voľné miesto pre Ubuntu. Nevýhodou je nižší výkon a spotreba väčšieho priestoru na disku.

• Inštalácia do virtuálneho počítača – toto riešenie nám umožní to, že nebudeme musieť zakaždým reštartovať počítač, ak sa budeme chcieť prepnúť do iného operačného systému. Nevýhodou je to, že na zrealizovanie tohto riešenia potrebujeme výkonnejší počítač a viac operačnej pamäte (je potrebné spočítať nároky MS windows, Ubuntu a virtuálneho počítača).

• Inštalácia terminálovej siete – toto riešenie spočíva v tom, že systém sa nainštaluje len na jeden počítač – terminálový server, a ostatné počítače termináloví klienti slúžia iba ako zobrazovacie a vstupno výstupné zariadenia. Výhoda tohto riešenia je ten, že ako klientov môžeme použiť staré počítače, nevýhoda je v tom, že počítač slúžiaci ako terminálový server musí byť dostatočne výkonný a v prípade jeho zlyhania nebude fungovať ani jeden počítač. Tento spôsob je popísaný v inom návode s názvom Terminálová učebňa.