Linux sa, samozrejme, v mnohom líši od Windows.
Najpodstatnejší rozdiel je v otvorenosti Linuxu a uzavretosti Windows. Do vnútra Linuxu môže hocikto nielen nazrieť, ale aj môže prispieť svojimi programami či návrhmi. Kým sa však takýto príspevok do Linuxu naozaj dostane, musí prejsť dôkladným testovaním komunity ostatných vývojárov a používateľov. Len takto overený program sa dostane do používania, čo je záruka vysokej spoľahlivosti a kvality.
Linux a Windows sa líšia aj po technickej stránke, najmä vo svojej vnútornej štruktúre. Zatiaľ čo Windows je monolit, kde jadro, pracovná plocha a aj jednotlivé aplikácie sú úzko zviazané, Linux je modulárny. Takto môžeme mať linuxovský server bez akejkoľvek grafiky. Tým sa celý systém zjednoduší, sprehľadní a zvýši sa jeho spoľahlivosť a rýchlosť.
Kto však chce, môže mať pracovnú plochu podľa svojich predstáv. Máme na výber hneď z viacerých. KDE a GNOME sú veľké systémy, bohato vybavené funkciami, programami a sú rozsiahle konfigurovateľné. Ak však máme starší počítač, môžeme si zvoliť štíhlejší desktop, ktorý síce nemá až také bohaté vybavenie, ale zato je na našom počítači svižnejší. Netreba mať však obavu o kompatibilitu. KDE programy bezproblémovo chodia na GNOME desktope a iných a naopak.
Takáto sloboda voľby medzi viacerými, síce podobnými, ale predsa odlišnými nástrojmi je jednou z charakteristických čŕt Linuxu a aj celého sveta otvorených programov, kde nie je nik, kto by prikazoval a zakazoval. Takže každý, kto má záujem sa môže k nejakému jemu sympatickému projektu pridať, a ak taký nie je, môže začať svoj nový projekt. A ak je ten užitočný, iste sa nájdu ďalší nadšenci, ktorí spolu čoskoro vytvoria zaujímavý a užitočný produkt. Takto vznikol aj samotný Linux, keď začiatkom 90-tych rokov Fín Linus Torvalds chcel doma na svojej 386-ke používať systém, ktorý by sa podobal unixovským počítačom, aké mala jeho univerzita. Nič také nenašiel, minimálne nie za prijateľnú cenu. A tak si začal vyvíjať svoj vlastný program, k čomu cez Internet pozval všetkých ktorí by mali záujem. Odozva bola svojim rozsahom nevídaná. A tak dnes máme operačný systém, ktorý nielen riadi dnešné najvýkonnejšie superpočítače, či kozmické sondy, ale ktorý môžme mať aj doma v počítači na stole, písať na ňom listy, posielať maily, prezerať si fotografie, pozerať filmy, počúvať hudbu, kresliť, strihať video, telefonovať a mnoho iného.